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实时荧光定量PCR可以在反映处于指数期时，检测PCR产物的量，由此推断初始模板。实时荧光定量PCR使用的荧光化学主要分为两种类型：荧光探针法和荧光染料法。

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目前这项技术已经广泛应用于动植物基因组结构研究、染色体精细结构变异分析、病毒感染分析、人类产前诊断、肿瘤遗传学和基因组进化研究待许多领域。

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